Актуальность исследования обусловлена потребностью развития экономики в новом направлении по инновационной модели. Основой для инновационной экономики является развитие инновационных систем, включающих субъекты, рождающие инновации и поддерживающую инфраструктуру (инновационные институты). Инновационные институты оказывают влияние на развитие и распространение инновационных процессов. К ним в том числе относятся образо- вательные организации высшего образования. Однако в исследованиях, посвященных инновационным системам, вопрос эффективности инновационных институтов, но не инновационной системы, не рассматривается. В связи с этим в настоящем исследовании поставлена цель оценить эффективность деятельности инновационных институтов (на примере Хабаровского края, обладающего по оценкам высоким инновационным индексом) разных типов, а также определить перспективы повышения влияния образовательных организаций высшего образования на эффективность региональной инновационной системы. Методы: анализ статистических данных, классификация и типизация. Информационной базой исследования послужили данные отчетов о ходе реализации государственной программы, подготовленные министерством инвестиционного развития и предпринимательства Хабаровского края, Росстата и Минобрнауки из статистической формы № ВПО-1, ВПО-2. В результате проведенной оценки эффективности инновационных институтов Хабаровского края обнаружено, что присутствует дублирование функций у инновационных институтов, функционирую- щих в регионе, при этом эффективность их деятельности снижается (меньше инновационных проектов, снижается объем финансирования инновационных разработок). Установлена слабая связь между показателями деятельности образо- вательных организаций высшего образования и трудовыми ресурсами, показателями науки и инноваций. Это свидетельствует о неэффективности построенных взаимодействий с остальными инновационными институтами.